寧瑪巴將佛陀教法由基礎至深奧分為九乘，即為「九乘次第」，分別為顯宗的三「共因乘」、密乘的「外三乘」與「內三乘」：
共因乘 ：
(1)聲聞乘 (小乘)
(2)緣(獨)覺乘 (小乘)
(3)菩薩乘 (大乘) 外三乘：
(1)事部：
主要是身與語之修習，重視手印及持咒；視本尊為清淨的對境，以種種事相上的供養、承事等，來達到自心之清淨。也就是說，為了修道的方便，可將清淨的自性「如來藏」和其上的染污視為實有，再藉著種種事相上的修持，清除「如來藏」上的染污。簡單的說，就是行者視本尊如主人，自已則為僕，自已因承事主人而得到主人之加持。
(2)行部：
身、語與內心之修持二者均等；已不視外境或本尊為實有，只是一個概念；行者依本尊之所行，因學習本尊之一切，達到自心之清淨。也就是視本尊如友伴，行者學習友伴的行徑，因而得到相同的成就。
(3)瑜伽部：
以修持禪定之內心修持為主，以身、語之修習為輔；「瑜伽」的意義是「相應」，就是與本尊相應。行者在修持時，將自身觀為本尊，所處之地方為本尊之清淨壇城，由此來達到內識之清淨。
內三乘：(1)聲聞乘 (小乘)
(2)緣(獨)覺乘 (小乘)
(3)菩薩乘 (大乘) 外三乘：
(1)事部：
主要是身與語之修習，重視手印及持咒；視本尊為清淨的對境，以種種事相上的供養、承事等，來達到自心之清淨。也就是說，為了修道的方便，可將清淨的自性「如來藏」和其上的染污視為實有，再藉著種種事相上的修持，清除「如來藏」上的染污。簡單的說，就是行者視本尊如主人，自已則為僕，自已因承事主人而得到主人之加持。
(2)行部：
身、語與內心之修持二者均等；已不視外境或本尊為實有，只是一個概念；行者依本尊之所行，因學習本尊之一切，達到自心之清淨。也就是視本尊如友伴，行者學習友伴的行徑，因而得到相同的成就。
(3)瑜伽部：
以修持禪定之內心修持為主，以身、語之修習為輔；「瑜伽」的意義是「相應」，就是與本尊相應。行者在修持時，將自身觀為本尊，所處之地方為本尊之清淨壇城，由此來達到內識之清淨。
(外三乘是在不同的見地上，以清淨貪瞋癡為主，而內三乘則是依貪瞋癡之特性而修持，一切都是空性的顯現。)
(1)摩訶瑜伽 (Mahayoga，或稱「大瑜伽」)：
以修持內心之智慧為主，以無取捨之身、語為方便所行。行者以生起次第之修持為主；生起次第中，行者於空性中自觀為本尊，稱為「三昧耶尊」，再迎請「智慧尊」融入自身。
(2)阿努瑜伽 (Annuyoga，或稱「無比瑜伽」)：
修持一切法為心性與智慧無二之功用。以圓滿次第之修持為主，圓滿次第主要是修大樂與光明，證悟萬法與心性無二)。雖說「摩訶瑜伽」是以修生起次第為主，但也必須修持圓滿次第，同樣的，「阿努瑜伽」是以修圓滿次第為主，但仍有生起次第的修習，只是偏重的次第不同而已。
(3)阿底瑜伽 (Atiyoga，亦稱「無上瑜伽」或大圓滿)
修持的重點在生起次第與圓滿次第兩者並重，即「生圓雙運」。「阿底瑜伽」本身又可分為三部：心部、界部、訣竅部，師利興哈尊者再將訣竅部分為外、內、密、極密四類，其中極密這類法，大部分稱為「寧體」法門(「寧體」的意義為「心髓」)，如「龍欽寧體」、「空行寧體」等，但並非全是如此。此類教法的實修則有「立斷」(藏音為「且卻」)與「頓超」(藏音為「妥噶」)之方法。
大圓滿是寧瑪巴最高之教法，以如來三轉法輪之「如來藏」為究竟見地，認為眾生本具佛性，佛與眾生的不同處只在於「覺」和「迷」，覺時是佛，迷時是凡夫。「大圓滿」是究竟的智慧，能澈見本淨自性實相，諸法生起的剎那，超越能修所修，原本清淨解脫，故稱「圓滿」，輪迴、涅槃萬法都不離這實相，故稱「大」，眾生本具此清淨圓滿之佛性，但因為執著染污之障礙，因而在輪迴之中流轉，「佛性」(或「如來藏」)就像深遂寧靜的大海，眾生不去體悟大海本具之清澈寧靜，反而執著於其上之波浪，隨波逐流；也可說「大圓滿」就是將空性與大光明以訣竅方式抉擇，令行者以現量直接感受證悟的法門。