疾病以形成脈及習氣的形式，潛伏駐留於阿賴耶識中。疾病的發生是由於無明和我執所累積的有害業力。疾病會現前，則是由於煩惱、概念思維、風息(氣)、或是神祗鬼魔等等影響。疾病成熟的果即是四百零四種病，這些病以熱、寒、痰、痛和腫為首。簡言之，俱生無明的疾病是主要的“因”，而遍計無明(概念性無明)的疾病則是主要的“緣”。
由於疾病的成因是無明，因此你必須要認出俱生智，才能治療這些疾病；由於疾病生成的助緣是煩惱，因此你必須要讓注意力安頓在平穩安定的狀態中；由於連接者是概念化思維，因此你必須徹斷念想的束縛；由於結果的匯集者是風息(氣)，因此你必須專注在氣的心要上；由於後援者是神魔，所以你必須要徹斷神魔有所存在的念頭。 如此，你將能遠離所有的疾病。
過失的根源不外乎就是我執，也就是一種迷妄耽執的心態，因此，斬斷我執的束縛吧！拋開對敵人和朋友的執著吧！摒棄世間八法吧！放棄對物質的追求！除了佛法，沒有別的，真摯地投入修行！莫將任何有情眾生視為敵人，這麼做只是你自心的迷妄困惑罷了。不要透過謊言與狡詐手段來尋求食糧，雖然這一世你的肚子會飽滿，然而來世你將會背負沉重難受的重擔。
就好比幼苗不會長在石頭上一樣，不除去我執的過失，就不會有增上與提升。因此，你應該放棄一切罪惡的根源——我執以及貢高我慢。只要你尚未摒棄我執，那麼不管再怎麼微細的惡行，仍舊會導致後果的。
沒有任何人是沒有煩惱的，但你若步入執取實有的歧路中，情緒或煩惱將不會成為修道的一部分。 你必須認清這些煩惱情緒，並且以之作為道用。這教法是極為深奧的。
