關於心咒，分五層，即：心咒與佛尊的關係，成就心咒的關鍵，心咒的利益，咒力與四力的關係，念誦的要求。
１、心咒與佛尊的關係。在世俗之中，上師金剛薩埵的真身與心咒，這兩者在面前都同樣是智慧的幻變，要明白這兩者沒有差別，聖尊就是心咒，心咒就是聖尊，所以要把心咒受持為聖尊。再細緻一點講，如來的智慧在所化前可以示現一切種種相，如果以如來身能調伏，就示現如來身，如果以平凡身能調伏，就示現平凡相，兩者都是同一如來的智慧遊舞，實際沒有差別，不能認為一者殊勝另一者下劣。此處，上師金剛薩埵在平凡眾生前示現為密咒文字相。所以要了知金剛薩埵心咒是金剛薩埵智慧的幻變，不應把心咒看成凡夫心前的普通文字顯現。
2、成就心咒的關鍵。 成就心咒的關鍵是信心。以何種信心呢？以兩種信心可以成就心咒：一是具有了知金剛薩埵聖尊與金剛薩埵心咒無二的信心，這是對於甚深法義遠離疑惑的殊勝信心；二是雖然沒有智慧這樣了知甚深義，但相信佛在聖教裏所說的法義都真實不虛，這樣相信不起懷疑，並且一心念誦，依靠這種信心也能成就。所以以堅信佛語念誦心咒也會成就。最不能成就密咒的是哪種人呢？就是自己對甚深密咒的妙義沒有如理通達的智慧，又以自己的尋思分別懷疑密咒的能力，心裏想：「只念六字會有那麼大能力嗎？佛說的是不是不了義？這樣念就能懺除根本罪嗎？」這樣懷疑就會毀壞信心而不得悉地。
所以念金剛薩埵心咒，要明白這不是普通世俗語言，這是聖尊的心咒，它是無念的如意寶。金剛薩埵心咒的加持入於自相續，就像月亮現於水中，如果無水就不會有月影，同樣，如果自己相續沒有信心等因緣，就得不到心咒的悉地。但是以金剛薩埵佛尊不可思議的神變力，僅聞六字心咒的聲音，也不會沒有利益。所以，在名言現相中，如果依靠金剛薩埵心咒，自己具有信解，那加持絕對可以如量獲得，以因緣具足故，就像種子與水等因緣一旦集聚不可能不發芽一樣。
在一切共同世間的行境之中，再不會有如密咒般所賜予的悉地，梵天、自在天、如意樹、摩尼寶等的能力無法和密咒相提並論。在佛法裏面，甚深見修等的意義只是少數相續清淨者的境界，並非常人的共同行境，但是密咒卻是一個平凡人也可以念誦的。見不到金剛薩埵佛尊的法身、報身或化身，有些甚至連聖尊的身相也觀不清楚，但也不要失望，你可以念心咒，這個心咒就是金剛薩埵，你心中念一句，金剛薩埵佛尊就安住在你的心間，當時就能領佛尊的加持，當時就在淨化你的相續。
所以，具有信心的有緣者對心咒一定會愛若至寶，它勝過一切世間的如意寶。麥彭仁波切曾說：「一切三世諸佛的本性——上師金剛薩埵六字心咒，誰能聽到這句咒語，也是往昔曾供無量諸佛、作過無量佛事的果報，並且將來往生金剛薩埵淨土，獲得諸佛加持，趣入大乘妙道，具足神通，現前勝觀智慧之眼，決定成為佛的究竟意子。」
4、咒力與四力的關係。儀軌要求念誦金剛薩埵時要具足四力，四力越圓滿、越完善，成就六字心咒也越快，咒力也越大。也就是你對金剛薩埵的皈依心有多大，心咒的加持就有多大、懺罪的效果就相應有多明顯；你救度天下眾生的菩提心有多深，心咒的加持就有多深；你發露懺悔的心有多強，心咒的加持就有多強；你決定不造惡的決心有多強，心咒的加持也就有多強。
但也要知道，僅以信心念咒也能成辦種種事業，但最好是以具足四力念咒，所以儀軌小字說：「具足四對治力後隨力念誦金剛薩埵心咒，若念四十萬遍，破根本誓言罪亦能清淨。」
5、念誦心咒的要求。念誦以出聲為主，對初學者來說，出聲念最易和本尊相應。出聲念誦時應斷以下六過：①聲音太大，②聲音太小，③太快，④太慢，⑤少念文字和音母，⑥多念文字和音母。在相續上應斷昏沉和掉舉。念誦時，身心要專注在所緣上，不要散亂，不能念誦時說閒話，這點非常重要。
續部上說：「若無等持，則如海底磐石般，即使念幾劫也無結果。」所以，念誦時一定要專一，六根都要收攝，心裏明觀聖尊身相，一句咒語心裏念得清清楚楚，口裏念得清清楚楚，耳中聽得清清楚楚。在持咒時，心不亂想，口不綺語，身體端正，眼睛微閉，耳聽咒音，這樣攝住六根就容易入三摩地，念咒才有巨大功德。續部上說：「清淨與不清淨相差千倍，有等持與無等持相差十萬倍。」什麼是不清淨念誦呢？就是邊念邊說閒話，夾雜綺語而念，這樣念咒，就是不清淨念誦。《普賢上師言教》中說一比喻，譬如在黃金、白銀中摻雜黃銅或普通銅，雖然只摻雜一點，結果只能叫非金和假銀，再也起不到純金純銀的作用。以此說明不清淨念誦的過失。蓮花生大士也說：「摻雜綺語念一年，不如禁語念一月。」 念誦時一定要保證質量。佛法的成就不在外相，主要在你的心能否與法相應。
